Жоғары оқу орнынан кейінгі кәсіптік білім беру бөлімі, жоғары білікті ғылыми педагогикалық кадрлар (магистрлар мен докторанттар) даярлау жөніндегі ЖОО кафедраларының оқу үдерісін үйлестіруші университет құрылымдық бөлімшесі болып табылады.
Бөлім 2008 жылдың тамызында университеттің екі бөлімінің -магистратура мен аспирантураның бірігуі нәтижесінде құрылды.
Жоғары оқу орнынан кейінгі кәсіптік білім беру бөлімі, магистрларды көпдеңгейлі құрылым бойынша кәсіби қызметтің таңдап алған саласындағы тиісті біліктілік мамандықтары бойынша, мемлекеттік білім берудің жалпы білімдік стандарттарына (БМС) сәйкес даярлайды; сонымен бірге 2009-2010 оқу жылынан бастап философия докторларын (PhD)және үш жылдан кем емес оқу мерзімінде кәсіби оқу бағдарламалары базасында сала бойынша докторларды даярлай бастайды.
Магистратураны аяқтаған соң түлектерге «магистр» академиялық дәрежесі беріледі.
Докторантураны (PhD) аяқтаған соң, докторанттарға «философмя докторы» ғылыми дәрежесі беріледі.
Магистранттарды даярлауды Шығыс Қазақстан мемлекеттік университеті Қазақстанда алғашқы болып 1994 жылдан бастады (Қазақстан Республикасы Білім министрлігінің 15.07.94 жылғы №283 бүйрығы). Тәжірибе ретінде даярлаудың келесі бағыттары бойынша магистратура ашылды: «Орыс тілі мен әдебиеті», «Қазақстан тарихы», «Шетелдер тарихы», ал 1996 жылдың 1 қыркүйегінен ҚР Білім министрлігінің бүйрығы (1996 жылғы 29 тамыздағы №279) негізінде жаңа мамандықтар: «Химия», «География», «Биология» ашылды.
Университет магистратурасында оқыту, мемлекеттік бюджет және де келісім-шарт негіздерінде жүзеге асады. Магистрларды даярлау университеттің 22 кафедрасында жүргізіледі.
Магистратураның барлық мамандықтары жоғары білікті оқытушылар кадрларымен қамтамасыз етілген. Университет магистранттарының магистрлік диссертацияларына ғылыми жетекшілікті «Профессор» немесе «Доцент» ғылыми атақтары бар ғылым докторлары мен кандидаттары жасайды.
Магистратураның материалдық базасының негізін физика, химия, экология зертханаларының жабдықтары, компьютерлік сыныптар, аудио және бейне аппаратуралар, университет кітапханалық қоры құрайды, коммуникациялық технологияларды( e-mail,Internet) қолдану мүмкіндігі бар.
Жыл сайын Университетте магистранттар мен аспиранттардың ғылыми конференциясы өткізіледі, мұнда магистранттар өз ғылыми зерттеулерінің нәтижелерін көрсетіп, оларды жариялай алады.
Бүгінде С.Аманжолов атындағы ШҚМУ магистратурасында ғылыми педагогикалық 26 мамандануды қосатын 17 мамандық бойынша, салалық бағыттардың 13 мамандануды қосатын 7 мамандық бойынша даярлау жүзеге асырылады. Магистрларға еңбек нарығында сұранымның өсуін және бір магистрантты даярлауға кететін шығынның өсуін ескере отырып, университет 2005-2006 оқу жылында заңтану, экономика, педагогика мен психология, психология, қазақ филологиясы мен тарих бойынша мамандар үшін салалық бір жылдық магистратура ашты.
2002-2003 оқу жылынан бастап ЖОО оқу үдерісіне, жекелеп оқыту және білімді шығармашылықпен меңгеру негізінде өздігімен білім алу мен білімді шығармашылықпен меңгеру деңгейін көтеретін, кредиттік технология енгізілді.
2008-2009 оқу жылындағы оқуға түсу емтихандарының нәтижесі бойынша, С.Аманжолов атындағы ШҰМУ магистратурасына мемлекеттік білім тапсырысына 41 адам қабылданды, 41 үміткер оқуға шығынды толық өтеп қабылданды, олардың 26-сы магистратураға ғылыми педагогикалық бағыт бойынша және 15-сі салалық бағыт бойынша қабылданды. Университет магистратурасында 1-ші және 2-ші курстарда барлығы 154 магистрант келесі мамандықтар бойынша оқиды:

Қызметкерлер тізімі:
Бөлімнің штаттық кестесі жоғары оқу орнынан кейінгі кәсіптік білім беру бөлімі бастығынан басқа, келесі жұмыскерлер санатын қосады:
- Әдіскер - Жүнісова Әлмира Қазбекқызы
- Инспектор - Алағұзова Арайлым Бауыржанқызы