В соответствии с приказом Министерства образования РК «О подготовке магистров наук в Восточно-Казахстанском Государственном Университете» №283 от 15 июля 1994 г. впервые в Республике Казахстан при Восточно-Казахстанском государственном университете начали в порядке эксперимента подготовку магистров по двум направлениям (истории и филологии).
На сегодняшний день в магистратуре ВКГУ им. С. Аманжолова осуществляется подготовка по 17 специальностям, включающим 26 специализаций научно-педагогического направления, и по 7 специальностям, включающим 13 специализаций профильного направления. Учитывая востребованность на рынке труда магистров и увеличение затрат на одного магистранта, наш университет на 2005-2006 учебный год открыл профильную годичную магистратуру для специалистов по юриспруденции, экономике, педагогике и психологии, психологии, казахской филологии и истории.
Образовательный процесс в магистратуре ведется на основе кредитной технологии. Внедряя кредитную технологию обучения, мы можем реализовать образовательный процесс, в котором магистрант может выбирать индивидуальную оптимальную траекторию обучения, и создать условия конвертируемости дипломов магистров РК в международном образовательном сообществе и на рынке труда.
Обучение в магистратуре университета осуществляется как на госбюджетной, так и на договорной основе. Подготовка магистров ведется на 22 кафедрах университета.
Все специальности магистратуры обеспечены преподавательскими кадрами высшей квалификации. Научное руководство в магистратуре университета осуществляют доктора, кандидаты наук, имеющие ученые звания профессора или доцента.
Основу материальной базы магистратуры составляет оборудование физических, химических, экологической лабораторий, компьютерные классы, аудио и видеоаппаратура, библиотечный фонд университета, имеется возможность пользоваться коммуникационными технологиями (e-mail, Internet), а также имеется Центр инновационных образовательных технологии имени Первого Президента РК, создан для того чтобы связать образования с наукой и производствам. Иногородние магистранты обеспечены жильем в общежитиях университета.
Ежегодно проводится научная конференция магистрантов и аспирантов, где магистранты имеют возможность выступить с результатами своих научных исследований, опубликовать их.
Магистранты ежегодно принимают участие в программе «Болашак» и других международных программах. Как реальный факт международного сотрудничества можно рассматривать обучившихся в магистратуре Вроцлавского университета (Польша) в 2005 году двух наших магистрантов Тагаева Данияра (6N0607-Биология) и Дауленова Мираса (6N0301-Юриспруденция), в 2006 году - Кошурбаевой Ренаты (6N0503-Психология) и Муратова Руслана (6N0609-География).
Выпускники магистратуры ВКГУ им. С. Аманжолова являются аспирантами отечественных и российских университетов, работают в странах ближнего зарубежья.
В своем послании к народу Казахстана Президент Республики Казахстан ведущим приоритетным направлениям в сфере профессионального образования выделил повышения качества подготовки педагогических кадров, которые являются определяющими для системы начального, среднего и высшего профессионального образования. Поэтому существует необходимость подготовки специалистов высшей квалификации, которыми являются на данный момент магистры наук.
Магистранты – эта элита студенческой аудитории, особая категория молодых людей, готовых к напряженному научному труду, к самосовершенствованию, самостоятельному творческому поиску знаний. Это особый благодатный материал, из которого можно сформировать новое поколение высокоинтеллектуальных специалистов для суверенного Казахстана.
В 2006-м Магистратура открыла несколько новых программ, в Магистратуру стали стремиться более взрослые люди с дипломом специалиста, по сути, получая второе высшее образование в современном формате Магистра. Сохраняя и развивая наработанные международные связи, мы все больше отрабатывали специфику подготовки Магистров в новых условиях и поэтапно изменяли наши учебные программы для соответствия требованиям рынка.
Обучение в магистратуре обеспечивает надежную основу для карьерного роста наших выпускников на базе сочетания уникального учебно-методического потенциала, новейших образовательных технологий и высокого социального престижа магистерского диплома Восточно-Казахстанского государственного университета им. С.Аманжолова.
Мы видим наших будущих МАГИСТРОВ людьми думающими, активными, желающими стать профессионалами высокого класса в выбранной области деятельности, и уверены, что магистерская программа  является хорошим выбором для успешного развития профессиональной карьеры.